convertFromNucleotide static method

List<AminoAcid> convertFromNucleotide(
  1. NucleotideSequence seq
)

(en) Convert base sequence to amino acid sequence. Note that invalid sequences must be filtered out before passing. Also, a, t(u), g, and c bases can be used.

(ja) 塩基配列からアミノ酸配列に変換します。 注意点として、無効な配列は除外してから渡す必要があります。 また、塩基はa,t(u),g,cのいずれかしか利用できません。

  • seq : The sequence.

Throw:　When ambiguous bases are included.

Implementation

static List<AminoAcid> convertFromNucleotide(NucleotideSequence seq) {
  final triplet = seq.sequence.slices(3);
  List<AminoAcid> r = [];
  for (List<Nucleotide> i in triplet) {
    String codon = "";
    for (Nucleotide j in i) {
      codon += j.base.name;
    }
    if (seq.type == EnumNucleotideSequenceType.rna) {
      r.add(AminoAcid(FRNA.toAminoAcids[codon]!));
    } else {
      r.add(AminoAcid(FDNA.toAminoAcids[codon]!));
    }
  }
  return r;
}