getPositions static method

List<int> getPositions(
  1. FastaRecord record,
  2. String target
)

(en) Returns a list of the indices of the beginning of the pattern where the specified pattern occurs.

(ja) 指定したパターンが出現する、パターンの先頭のインデックスをリストで返します。

  • record : FASTA data.
  • target : The target pattern.

Implementation

static List<int> getPositions(FastaRecord record, String target) {
  List<int> r = [];
  for (int i = 0; i <= record.length() - target.length; i++) {
    if (record.seq.substring(i, i + target.length) == target) {
      r.add(i);
    }
  }
  return r;
}